Budova kláštera má do čtverce orientovaná čtyři křídla navazující na kostel. Do dvora se křídla stavby otevírají arkádami. Klášterní ambity sklenuté křížovými klenbami měly 27 lunet vyplněných obrazovým cyklem ze života sv. Augustína, které vytvořil v roce 1696 až 1699 plzeňský malíř Jiří Matěj Netttl. Další obrazy: Kristus na poušti a tři svatí zobrazení jako poustevníci, sv. Jan Křtitel, sv. Jeroným a sv. Pavel se sv. Antonínem, byly umístěny v refektáři. Ten vévodil průčelnímu křídlu a vedle zmíněná řádová knihovna byly přístupné hlavním schodištěm. Na refektář navazovalo sídlo převora a v rohu klášterní kaple. Obě boční křídla byla rozdělená do mnišských cel přístupných ještě zvláštním schodištěm vestavěným diagonálně naproti v rohu čtvercového půdorysu kláštera. Chodby v 1. patře byly opatřeny dalšími 24 velkými závěsnými obrazy tématicky zaměřenými na umučení Páně. Klášter tak obsahoval slušnou obrazovou sbírku, která v době plenění komunistickými barbary v roce 1950 byla, až na několik exemplářů dnes uložených na zámku v Dubu u Volyně, zcela rozchvácena a zničena.
Vedle kvadratury klášterní stavby je situována věž. Byla přistavěna ale až roku 1751. Nestojí, jak to bývá obvyklé v ose kostela, ale zcela bokem v rohu klášterní kvadratury na straně navazující na presbytář kostela.
Tehdejší konfigurace klášterních interiérů byla po roce 1955 zásahy spojenými s přestavbou ve zdravotnické zařízení zcela změněna, takže dnes se zde jen stěží orientujeme.
Konvent bosých augustiniánů měl za 325 let svého působení pro život tohoto Jihočeského kraje značný význam. Lnáře byly nejen správním, ale i kulturním a společenským centrem rozsáhlého panství, v jehož držení se vystřídalo několik předních českých panských rodů. Nenápadně vedl kulturně nejen poddaný, a po roce 1848 již svobodami nadaný lid, ale především působil i na vrchnost. Činil to metodou církevnímu řádu sobě vlastní, tedy prosazováním příkladného života svatých a světců a pevností ve víře a jejího vedoucího poslání v poslušnosti, skromnosti a chudobě. Odráží se to i v záznamech letopisců, kteří stylem té doby zaznamenávají historické události. Tak třeba příhoda Tomáše Zachara Černína spojená s jeho návratem z Říma do vlasti v roce 1684 byla spojená s vizí, že mu sám archanděl Michael namaloval obraz stromu rodné země s třemi haluzemi ztotožněný se Svatou Trojicí svědčí o záměru augustiniánů. Podobně je tomu u šířené legendy s ohněm poškozeného obrazu Matky Boží přivezené do Lnář z vypáleného kostela neznabohy kdesi v Itálii, který s proslavil zázraky a byl domestikován jako Panna Maria Lnářská. Legendisté však věnovali pozornost i poddanému lidu. Tak uzdravení dítěte Františky, dcery tesaře, které se mniši věnovali, přisoudili právě zázračnému obrazu lnářské Madony. Ve čtyřicátých létech 18.století, kdy byl kraj obsazen francouzskými vojsky byli augustiniáni pevnými ochránci strádajících obyvatel. K plnění svého programu se převorovi s klášterními řeholníky podařilo ustavit Bratrstvo Panny Marie Potěšující, jehož členy se stala více než tisícovka prostého lidu. Jednotícím programem byla vzájemná pomoc, tak jak ji ukládala víra v Boží spravedlnost. Vládním zmocněncům provádějícím na počátku 19. století zastavování činnosti mnoha řádů a rušení klášterů spojené se zabavováním majetku, se jevila náplň činnosti a vliv natolik odpovídající reformaci, že lnářský konvent nejenže ponechali, ale svěřili mu farnost. Ostatně princip chudoby tohoto konventu veskrze „žebravého řádu“ bylo natolik evidentní, že nebylo s výjimkou kulturních statků co zabavovat.
Lnářští augustiniáni, i když častými návštěvami a vizitacemi prezentovali nejen příslušnost ke generalátu v Římě, ale i jednotu s ostatními konventy v Čechách, na Moravě a Vídni, cítili se vlastenci, a tak byli i našimi buditeli chápáni. Styky udržovali literáti Julius Zeyer, Jakub Deml a Otokar Březina. Inspiraci zde nacházeli po vzoru Petra Brandla malíři Adolf Kašpar, Stanislav Lolek a Viktor Foerster. Sochař František Bílek vyřezal pro kostel tvář Ukřižovaného Ježíše a hudební inspirací bylo prostředí kláštera např. skladateli Karlu Kovařovicovi, který zde často pobýval.
Představených kláštera počínaje paterem Cypriánem (1687 až 1712), který byl i převorem v Českém Brodu a Táboře, byla více než stovka. Většina z nich byla českého původu a vynikali mezi nimi zejména tato jména:
- P. Vincenc od sv. Viléma (vl. jménem Vilém Rosenthal), první označovaný za převora.
- Abraham od sv. Kláry (vl. jménem Ulrich Megerle).
- Vitalis od sv. Kilina (v pořadí 6. převor, objednatel obrazárny).
- Adrian od sv. Michala (vl. jménem Jan Roland).
- Viktorin od sv. Jana (vl. jménem Jan Rovenský).
- Zikmund od sv. Karla (vl. jménem Vácav Pauer.
- Prokop od Proměnení Páně, instalován jako první administrátor zřízené augustiniánské farnosti.
- Norbert od sv. Jana (vl. jm. Ferdinand Vodička), kterému již připadlo spojení světského faráře s řeholním životem a povinností poskytnutí péče mnichům z ostatních zrušených augustiniánských konventů z českých zemí i Rakouska.
- Augustin od Nejsvětější Trojice (vl. jménem Jan Weber ) společně s P. Aloisem od sv. Benedikta (vl. jménem Václav Mayer), připadl úkol nalézt kompromis mezi šlechtou a lidem a východisky mezi nabytými svobodami památného roku 1848. Právě kombinace světské farnosti s posláním řehole umožnila nejen překonat nastalé rozpory, ale dále rozvíjet duchovní hodnoty víry.
Teprve poslední desítiletí před vypuknutím První světové války způsobil nedostatek řeholních bratří útlum kontemplativního života. Klášter se tak stal více méně zabezpečovatelem farních služeb a domovem faráře a kaplanů. Panství navíc ochuzené po vzniku republiky pozemkovou reformou patřilo Karlu Bondymu. Ten pochopitelně nenalezl k římskokatolické církvi vztah, jaký měla dříve česká šlechta. Bosí augustiniáni stále věrní zásadě „žebravého řádu“ nevlastnili žádné další nemovitosti ani nečerpali z výnosů pozemků. Obrat nenastal ani po Druhé světové válce, kdy pozemkovou reformou ochuzené panství připadlo společenství vlastníků po vedením Ing. Vladimíra Vaníčka. Těmto pak bylo konfiskováno v roce 1948. Po dvou letech následoval zásah tzv. socialistického státu, kterého se zmocnila Komunistická strana , namířený proti řádům římskokatolické církve. Režim se ani nesnažil opřít toto počínání o zákonnou normu. Tzv. Státní úřad církevní vypracoval „instruktáž akce K“ k vyklizení 429 klášterů, kde bylo celkem 2373 řeholníků. Klášter ve Lnářích přišel na řadu večer 26. dubna 1950. Společně s převorem P. Jaroslavem Vystrčilem OAD zde bylo devět řeholních bratří, kteří byli deportování do centralizačního kláštera. Akci vedl církevní tajemník ONV ve Strakonicích a zajišťovalo ji okresní správa SNB a příslušníci Lidové milice ze Lnář pod vedením vyslaného zástupce STB. Správou nemovitostí kláštera byl pověřen Náboženský fond v Praze. Ten budovu nejprve předal internátu ministerstva vnitra, již sídlícímu v lnářském zámku a po devíti letech (4. 11. 1959) zcela nezákoně, aniž nabyl vlastnických práv daroval ČSSR, radě Okresního národního výboru ve Strakonicích. V roce 1960 se započalo s úpravami kláštera pro Ústav choromyslných Okresního ústavu národního zdraví, ze kterého se konstituovala Psychiatrická léčebna, jako zařízení Krajského ústavu národního zdraví.